Gerçek adı Winona Laura Horowitz olan genç sanatçı adını, doğduğu kasabadan alıyor. Elektriğin bile olmadığı küçük bir Kuzey California çiftliğinde yetişen Winona Ryder'ın ailesi ünlü Beat şairi Allen Ginsberg'in arkadaşıydı. Ünlü aktör ve yönetmen Timothy Leary'in vaftiz babası olduğu Winona, 10 yaşında San Francisco yakınlarında bir kasabaya taşınan ailesiyle birlikte daha geniş bir çevreye girdi ve daha sonra American Conservatory Theater'da oyunculuk dersleri almaya başladı. 13 yaşında Desert Bloom adlı film için deneme çekimine katıldı ama seçilemedi. Yine de yönetmen David Seltzer'in dikkatini çekti ve Lucas filminde rol aldı.
Arka arkaya yer aldığı Welcome Home, Roxy Carmichael (1990) ve Mermaids (1990) adlı filmlerle yorgun düşen genç oyuncu ağır bir gribe ylandı ve 1990 tarihli Baba 3/The Godfather: Part III'de oynacağı Mary Carlaone rolünde oynamak istemedi. Herkese, hastalığı nedeniyle istediği performansı veremeyeceği için rolden vazgeçtiğini söylese de, 17 yaşından beri birlikte olduğu sevgilisi Johnny Depp ile arasında çıkan sorunlar nedeniyle böyle bir karar verdiği dedikoduları yayıldı. Daha sonra "dünyanın en iyi yönetmeni" olarak nitelediği Martin Scorses'nin yönettiği Masumiyet Çağı/The Age of Innocence'da oynayan Winona Ryder, People dergisi tarafından 1997 yılının en güzel 50 insanı arasına seçildi.