Sihirli Kutu, içinde ilk bakışta oyuncağa benzeyen garip nesneler olan bir kutu bulan iki küçük çocuğun hikâyesini anlatıyor. Çocuklar bu “oyuncaklarla” oynadıkça, giderek artan zekâ belirtileri göstermeye başlarlar. Öğretmenleri, bu iki kardeşin anne ve babasına, çocuklarının “dahi” seviyesini bile aşan zihinsel bir aktivite gösterdiğini söylediğinde, çocukların ailesi de ortada garip bir şeyler olduğunun farkına varır.