Bu film, balıkçılık yapan babası denizde kaybolduğunda hayatı altüst olan on yaşındaki Jonas’ın öyküsünü anlatır. Bu felaketten sonra, Jonas köyün papazının yanına yerleştirilir ve burada kötü günler geçirir. En kötüsü de, gülümsemesini kaybetmiştir. Bir gün, büyülü bir tesadüf sonucu, köye gelen panayırın cüce sihirbazıyla tanışır. Cüce, karavanındaki büyülü bir kapının ardına bakmasına izin verir. Göklerle denizin buluştuğu sihirli bir mucizedir bu. Büyülü Pencere, olağanüstü güzellikteki çekimleriyle içinden çocukluk, kayıplar, düşler ve sihirlerin geçtiği sinemasal bir büyüme öyküsüdür.