Usta Splinter, Ninja Kaplumbağalardan birini, eğitim alması için ülke dışına gönderir. Kalanlardan biri, gizlice şehirdeki kötülüklerle savaşmaya başlar. Bunun nedeni giden kaplumbağanın yerine geçmek istemesidir. Eğitimdekinin geri dönmesiyle, güçlerini birleştirirler ve önemli olanın takım halinde çalışmak olduğunu fark ederler.