Son bölümde X-Men topluluğu ilk kez bir seçim aşamasındadırlar. Yeni bir tedavi yöntemi bulunmuştur ve mutantlar tüm yetilerinden kurtularak normal insanlar gibi yaşayabileceklerdir. Onları insanlardan ve gerçek hayattan uzak tutan bu inanılmaz özelliklerinden arınıp arınmamaları konusunda ise mutantların lideri Charles Xavier, ve Magneto arasında gerçek bir görüş ayrılığı oluşmuştur. Son bir savaşın temelleri atılmaktadır. Son ve en büyük savaş.

X - Men: Son Direniş bir çok toplumsal konuda sorgulamalar getiriyor: Uyum göstermek önyargıyı engeller mi? Kişisel özelliklerinden vazgeçerek eziyetten kurtulmak korkaklık mıdır? Büyük bir güce sahip olmak bir vergi midir yoksa lanet mi?