"Zorro Efsanesi" 1998 yapımı " Maskeli Kahraman Zorro" ("The Mask of Zorro") filminden yıllar sonra başlıyor. Alejandro (Banderas) ve Elena (Zeta-Jones) evlenmişlerdir ve 10 yaşında, Joaquin (Adrian Alonso) adında bir oğulları vardır. Alejandro, Kaliforniya'nın yoksul ve ezilen halkını toprak sahiplerinin açgözlülüğünden korumak için Zorro maskesini hâlen takmaktaysa da, mutlu yuvasını da düşünmekte ve normal bir hayat yaşama arzusuyla görevi arasında gidip gelmektedir.

Bir yandan da Kaliforniya, ABD'nin 31. eyaleti olmanın peşindedir, ama gizli bir ortaçağ organizasyonunun üyesi olan bazı ahlâksız kişiler bu olayın gerçekleşmesini önlemeye kararlıdırlar. Maskeli kahraman Zorro'nun bir kez daha Kaliforniya halkının yardımına koşması gerekir. Zorro, Kaliforniya halkına karşı çalışan bu karanlık organizasyonun planlarını kahramanca bertaraf etmeye çalışırken, hayatını ve ailesinin güvenliğini tehlikeye atan bir krize doğru hızla ilerlemektedir.