Lincoln Six-Echo (Ewan McGregor), 21. yüzyılda, ütopik denebilecek dış dünyaya kapalı bir tesiste yaşamaktadır. Bu tuhaf yerdeki herkes gibi, o da yeryüzündeki kirlenmeden nasibini almamış tek yer olduğu söylenen 'Ada'ya gidecek kişilerin arasına seçilmenin hayalini kurmaktadır. Ancak kısa bir süre sonra, varoluşuyla ilgili pek çok şeyin yalan olduğunu fark eder. O ve bu tesisteki herkes, kendilerini yaratan insanlar için 'yedek parça' sağlayan klonlardır. İnsanlara organ sağlamak için kullanılacağı gün gelmeden önce, Jordan Two-Delta (Scarlett Johansson) adlı güzel arkadaşıyla birlikte bu tesisten firar ederler. Tabii ki, onları yaratan enstitü peşlerine düşecek ve amansız bir takip başlayacaktır.