Film ilk filmin bıraktığı noktadan başlıyor. Alice tamamen yıkılmış ve tehlikelerle dolu Racoon şehrindedir. Umbrella şirketi tarafindan biyogenetik deneylere maruz kalan Alice insan üstü güçler, duyular ve hareket kabiliyetine kavuşmuştur. Aslında, hayatta kalabilmek için bu beceriler ve daha fazlasına ihtiyaç vardır. Alice'in yavaş yavaş Ölüler Şehri haline gelen bu yerden kurtulma macerasına, Umbrella şirketinin Özel Taktikler ve Kurtarma Bölümündeki (S.T.A.R.S.) işine yeni son verilmiş Jill Valentine (Sienna Guillory), Terri Morales (Sandrine Holt), Carlos Oliviera (Oded Fehr), L.J. (Mike Epps) ve Nicholai (Zack Ward) katılır. Amaçlarına ulaşmak için sadece acımasız ve vahşi zombilere karşı değil aynı zamanda Umbrella şirketinin biyolojik olarak gelişmiş ordusuna ve silahlarına karşı savaşmak zorundadırlar. Bunlardan en ölümcül olanı devasa ve ağır bir şekilde silahlanmış NEMESIS'dir.