2001 yılının Oscar ödüllü olan ilk filmin bittiği yerden yerden başlayan Şrek 2 Şrek, Prenses Fiona ve Eşek, bataklıklar dünyasından çıkıp bambaşka ülkelerde yepyeni maceralara yelken açıyorlar. .
Ürkütücü görünümlü ama iyi yürekli kahramanımızı bu kez çok daha büyük bir engel bekliyor: Sevgili eşinin vatanı olan Uzak Ülke'ye giderek kayınpederi ve kayınvalidesiyle tanışmak...

Shrek ile Fiona balayından dönmüştür. Fiona'nın ailesinden gelen bir davet mektubuyla karşılaşırlar. Fiona'nın kral babasıyla kraliçe annesi, yeni evli çifti Uzak Ülke'ye davet etmektedir. Bunun üzerine yanlarına Eşek'i de alarak yola çıkarlar.

Kral ve Kraliçe de sevgili kızlarının ve hiç tanımadıkları damatlarının (yeni Prens) dönüşünü heyecanla beklemektedir. Ancak her ikisi de yeni damatlarının dış görünümüne hazırlıklı değildir. Üstelik sevgili kızları da çok değişmiştir.
Şrek ile Fiona'nın bilmediği bazı gerçekler vardır. Bu sürpriz evlilikle birlikte Fiona'nın kral babasının geleceğe yönelik planları suya düşmüştür. Bunun üzerine o ana kadar ki bütün gelişmeleri tersine çevirebilmek için Fiona'nın Peri Vaftiz Annesinden, Yakışıklı Prensten ve ünlü canavar avcısı Çizmeli Kedi'den yardım ister.