Boston'un varoşlarından East Buckingham'da büyüyen Jimmy Markum, Dave Boyle ve Sean Devine işçi semtlerinde yaşayan erkek çocukların çoğunlukla yaptığı gibi günlerini sokak beysbol oynayarak geçirirler. Semtte fazlaca bir olay olmaz. Ama bu durum, Dave'in sonsuza dek hepsinin hayatını değiştirecek bir olaya dahil olmaya zorlanmasıyla son bulur.
Yirmi beş yıl sonra üç arkadaş kendilerini tekrar yaşamlarını değiştirecek bir olayla karşı karşıya bulurlar: Jimmy'nin 19 yaşındaki kızı öldürülmüştür. Artık polis olan Sean bu davaya atanır ve ortağı ile birlikte görünüşte hiçbir anlamı olmayan bu cinayeti çözmekle görevlendirilir. Ayrıca, Jimmy'den de hep bir adım önde olmak zorundadır, çünkü öfke ve intikam ateşiyle yanan Jimmy kızının katilini bulmaya kararlıdır.
Clint Eastwood "Affedilmeyen"den ("Unforgiven", 1992) bu yana çektiği en iyi film olarak değerlendirilen "Gizemli Nehir" için "öyküde pek çok katman var ve her bir katman kalktıkça altından daha fazlası çıkıyor" demiş.