Hatırlayacağınız gibi, küçük ajanlarımız Carmen ve Juni'yi en son "aile işi"ne girip kaçırılan anne ve babalarını kötülerin elinden kurtarırken bırakmıştık. Adeta genlerine ajanlık olan, iki küçük dostumuz, o akıl almaz orijinallikteki casus alet-edavatlarıyla geri dönüyorlar, üstelik bu sefer mesleği iyice içlerine sindirmiş bir halde.
Artık saygıdeğer iki ajan haline gelen Carmen ve Juni, kendi işlerinin peşinden gitmek istemektedirler. Bu amaçla, kendileri gibi iki küçük ajan olan Gary and Gerti Giggles'la birleşerek; gizemli, volkanik bir adaya hükmeden çılgın bilimadamı Romero'nun dünyayı ele geçirme yolundaki karanlık planlarına engel olmaya çalışacaklardır. Her ne kadar ailelerini bu işten uzak tutmaya çalışsalar da zamanla işler sarpa saracak ve yalnızca aileleri değil, çevrelerindeki birçok kişi küçük ajanların serüvenine dahil olacaklardır.
Meksikalı yönetmen Robert Rodriguez'in, çocukluk fantezisi olan Spy Kids, ikinci filmiyle karşımızda. İlk filmi izleyenler sıradan bir çocuk filmiyle karşı karşıya olmadıklarını zaten biliyorlar.