Hogwarts Cadılık ve Büyücülük okulundaki ikinci yılına başlarken Harry Potter (Daniel Radcliffe), ev cini Dobby tarafından okula dönmesinin kendisi için tehlikeli olacağı konusunda uyarılır. Bunun yanında Profesör Snape (Alan Rickman) ondan halen hoşlanmamaktadır, Draco Malfoy (Tom Felton) da ondan hala nefret eder. Bu ortamda Harry en iyi arkadaşları Weasly (Rupert Grint) ve Hermione (Emma Watson), ile birlikte yeni bir okul yılına başlar. Ünlü yazar Gilderoy Lockhart (Kenneth Branagh) da bu yıl Hogwarts'a katılmıştır. Ancak Hogwarts öğrencileri garip bir şekilde taşa dönüşmektedirler. Bunu kimin yaptığıysa gizemini korumaktadır.