Kimliğini gizleyerek nükleer silah kaçakçılarıyla bir müşteri gibi bağlantı kuran CIA ajanı Kevin Pope öldürülünce, CIA'in büyük gizlilikle yürüttüğü soruşturmanın akibeti tehlikeye girer. Soruşturmanın başında yer alan Gaylord Oakes, Pope'un Jack Hayes adlı hiç görmediği bir ikizi olduğunu öğrenince, onun Pope'un görevini devralabileceğini düşünür. Ancak bu, düşündüğü kadar kolay olmayacaktır. Hayes, fiziksel benzerliği dışında Pope'la hiçbir ortak özellik taşımadığı gibi, bir CIA ajanı olmanın sorumluluğunu kaldıracak ciddiyetten yoksundur. Ancak Oakes, onu eğitip en az kardeşi Pope kadar başarılı bir ajan yapmaya kararlıdır. Dokuz gün içinde bunu başarıp, Hayes'in silah kaçakçılarından nükleer bombayı teslim almaması halinde, bomba uluslararası bir teröristin eline geçecektir; üstelik bu terörist bombayı New York'un göbeğinde patlatmayı planlamaktadır.

"Gizli Ortak", tıpkı birkaç hafta önce vizyona giren "En Büyük Korku" gibi, her ne kadar 9/11 vakasına gönderme yapıyormuş gibi görünse de aslında 11 Eylül'den önce çekilmiş bir film. Dolayısıyla filmin gönderme yapmaktan çok öngörüde bulunduğunu söyleyebiliriz. Ama filmin bu öngörüsü yapımcılara biraz pahalıya patlamış: Filmin vizyon tarihi bir yıl ileri atıldığı gibi, ancak sakıncalı bulunan bazı sahneleri kesildikten sonra vizyona girmesine izin verilmiş.