Pittsburgh'da kuaförlük yapan, hayat dolu ve bekar Frankie Paige'in (Patricia Arquette) sakin ve düzenli yaşamı bedeninin çeşitli yerlerinde çıkmaya başlayan yaralarla altüst oluyor. Çarmıha gerili İsa'nın yaralarına benzeyen semptomlara "stigmata" teşhisi konuyor ve Vatikan'ın görevlendirdiği rahip Andrew Kiernan (Gabriel Byrne) olayı araştırmaya başlıyor.

Ancak rahibin, araştırmayı yönetmen Roma'daki üstü Kardinal Houseman (Jonathan Pryce) ile aralarında başlayan çatışma nedeniyle Frankie'nin peşindeki belanın ardındaki esrar perdesi daha karmaşık hale geliyor.