Gündüzleri bir bilgisayar programcısı olan Thomas Anderson (Keanu Reeves), geceleri Neo lakaplı usta bir 'hacker'. Peşinde onu takip eden bazı siyah takım elbiseli, gözlüklü adamlar var ve Neo bunun nedenini Morpheus'dan (Laurence Fishburne) acı bir şekilde öğreniyor. Birden kendini büyük bir komplonun içinde bulan Neo, Morpheus'un anlattıklarına güvenmek zorundadır: Aslında tüm dünya içinde yaşadığımızı sandığımız simulasyon bir dünyadır. "Yapay Zeka" ile insanoğlunun girdiği savaşta "yapay zeka" galip gelmiş ve insaoğlunu köleleştirmiştir. Neo, Trinity (Carrie Anne Moss) ve Morpheus'un da yardımıyla tüm donanımını kurup bu düzeni yıkmaya çalışan, "gerçeği bilen" bir avuç insanın arasına katılıyor.

Amerikan sinemalarında büyük iş yapan, Andy ve Larry Wachowski kardeşlerin "Tuhaf İlişkiler / Bound" filmleriyle yaptıkları dikkat çeken çıkışları, "The Matrix" ile sürüyor.