Peder Gabriel (Jeremy Irons), Brezilya'nın dağlarına, hristiyanlığı yaymak için gidiyor. Hristiyanlığın gelmesiyle birlikte bu dağlarda yaşayanların altın çağı da başlamış oluyor. Bir köleci olan Mendoza (Robert De Niro), kardeşini öldürmüş ve Peder Gabriel sayesinde intihar etmekten vazgeçmiştir. Peder Gabriel, misyonunda yardım etmesi için Mendoza'yı yanına getirtiyor. Burada huzura kavuşan Mendoza, rahip olmak için başvuruyor. Baskı altında olan kilise, Portekizlilere karşı çıkamadığından, topraklarda yeniden kölecilerin olmasını da karşı koyamıyor. Mendoza sözünü tutmayıp, yerlilerin kendilerini nasıl savunması gerektiğini onlara gösteriyor, ancak Peder Gabriel, Mendoza'nın yerlilere bir rahip olarak yardım etmesini istiyor.