Mississippi Yanıyor, bütün isimlerin değiştirilmesine rağmen alında 1964'te Ku Klux Klan'ın üç tane sivil haklar savunucusunu öldürmesiyle ilgili. Bu üç insanın kaybolasıyla araştırma başlatan FBI, iki ajanı görevlendiriyor: Anderson (Gene Hackman) ve Ward (Willem Dafoe). Anderson, yaşlı ve tecrübeli, Ward da genç ve idealistiktir. Olayı çözme yöntemlerinin ve yaklaşımlarının farklı olması, FBI'ın o zamanda içinde nasıl ikileme düştüğünü gösteriyor.