Savaşın acımasızlığı karşısında masumiyetini koruyabilen kimse var mıdır? J.G Ballard'ın oto-biyografik romanından uyarlanan "Güneş İmparatorluğu", Shangai'in Japon istilasına uğradığı 1941 yılında başlıyor. Zengin bir ailenin mutluluk içinde yaşayan genç üyesi Jim (Christian Bale) şehirde yaşanan büyük kaos sırasında ailesini kaybediyor ve hergün onlarca insanın öldüğü bu karmaşada yapayalnız kalıyor.. Uçaklara büyük bir ilgi duyan ve hep uçmayı hayal eden Jim, sonunda Soo Chow toplama kampına gönderiliyor ve burada geçirdiği aylar boyunca yepyeni insanlarla tanışarak, yaşamın ailesinin kendisine sunduğu kadar toz pembe olmadığının farkına varıyor.