23. yüzyıla gelinmiştir ve Kaptan James T.Kirk artık kendisini biraz yaşlı hissetmektedir. Yıldız filosu Akademisi tarafından eğitim gemisi haline getirilen Atılgan'daki genç askerlerin eğitiminde refakatçi olarak ekibiyle birlikte çağrılan Kirk, yeniden eski komuta ettiği gemisinde olduğu için mutluluk duyuyor. Ancak bir süre sonra eğitim ciddi ve ölümcül bir görev haline dönüşüyor. Çünkü eski bir düşman Khan, yıllardır gizli kaldığı yerden çıkıyor ve saldırıya geçiyor. Neyse ki Atılgan gene görev başındadır.